Aplicación Web para el Minado In Silico de Loci Polimórficos de Microsatélites
Resumen
Esta nota de aplicación presenta una nueva plataforma web diseñada para la minería in silico de loci de microsatélites polimórficos (SSR), ofreciendo una mayor eficiencia en comparación con métodos tradicionales. La herramienta integra MISA, BLAST y el script PSSR-Extractor en un flujo de trabajo continuo, permitiendo la detección y análisis automatizado de SSRs a partir de secuencias genómicas. A diferencia de otras herramientas que dependen de bases de datos preexistentes, esta plataforma procesa secuencias específicas de interés, utilizando BLAST para buscar secuencias similares y poder evaluar el polimorfismo.
Validada en 23 genomas de Mycobacterium tuberculosis, el sistema identificó más de 4400 loci SSR y extrajo 414 loci polimórficos no redundantes. Una comparación con herramientas similares, como PSSRdt, muestra las ventajas de la plataforma en términos de flexibilidad de entrada, informes de polimorfismo y facilidad de uso. Esta aplicación web acelera la minería de SSR y proporciona valiosas perspectivas sobre la diversidad genética, convirtiéndose en un recurso poderoso para la investigación en genética de poblaciones, biología evolutiva y epidemiología.
Palabras clave: SSR; microsatélites; loci polimórficos; biología computacional.
ABSTRACT
This application note introduces a novel web platform designed for in silico mining of polymorphic microsatellite loci (SSRs), offering improved efficiency over traditional methods. The tool integrates MISA, BLAST, and the PSSR-Extractor script into a seamless workflow, enabling the automated detection and analysis of SSRs from genomic sequences. It supports both standalone and web-based use, with compatibility for various input formats (FASTA, GBBF). Unlike other tools that rely on pre-existing databases, this platform processes specific sequences of interest, using BLAST to assess polymorphism.
Validated on 23 Mycobacterium tuberculosis genomes, the system identified over 4,400 SSR loci and extracted 414 non-redundant polymorphic loci. A comparison with similar tools, such as PSSRdt, shows the platform’s advantages in input flexibility, polymorphism reporting, and ease of use. This web application accelerates SSR mining and provides valuable insights into genetic diversity, making it a powerful resource for research in population genetics, evolutionary biology, and epidemiology.
Keywords: SSR; microsatellite; polymorphic loci; computational biology.
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