Influencia de la interpolación sobre la calidad de imágenes de microscopía celular
1. Centro Universitario Municipal de Placetas. Universidad Central “Marta Abreu” de Las Villas. Cuba., Centro Universitario Municipal de Placetas, Universidad Central “Marta Abreu” de Las Villas, Cuba , 2. Centro de Investigaciones de la Informática, Facultad de Matemática, Física y Computación. Universidad Central “Marta Abreu” de Las Villas. Cuba., Centro de Investigaciones de la Informática, Facultad de Matemática, Física y Computación, Universidad Central “Marta Abreu” de Las Villas, Cuba
RESUMEN
El presente trabajo tiene el propósito de analizar, para el caso particular de imágenes de microscopía celular de eritrocitos de sangre humana, en qué medida puede influir en la calidad de la imagen la aplicación de métodos de interpolación para mejorar la resolución de esta y con qué métodos se podrían obtener resultados satisfactorios. Se aplicaron para su comparación tres métodos de interpolación a las imágenes a color seleccionadas: splines cúbicos, bicúbico y bilineal y se evaluó la eficiencia computacional de estos. Se utilizaron dos factores de reducción de la resolución (2 y 4) por filas y columnas de la imagen digital. Las medidas utilizadas para valorar la calidad de las imágenes interpoladas fueron la relación señal-ruido y el error medio cuadrático, cuyos valores fueron procesados estadísticamente mediante las pruebas de Friedman y de Wilcoxon, esta última como test post-hoc. Los resultados permiten recomendar el método bicúbico de interpolación como el más favorable para este tipo de imágenes ya que fue el de mejor comportamiento entre los utilizados.
Received: 2020 October 29; Accepted: 2021 March 19
Keywords: Palabras clave: calidad imágenes digitales microscopia celular, interpolación imágenes digitales microscopía celular, resolución de imágenes digitales.
Keywords: Keywords: quality of digital images cell microscopy, digital image interpolation methods cell microscopy, resolution of digital images.
Introducción
El equipamiento médico a medida que transcurre el tiempo se vuelve cada vez más complejo y ofrece una mayor gama de prestaciones de servicios y facilidades, de lo cual no escapa el microscopio óptico digital, el cual genera una gran cantidad de imágenes que se hace necesario procesar. No obstante, no siempre es económicamente posible adquirir un dispositivo con la calidad requerida, como puede ocurrir en el caso de la resolución de la cámara de dicho microscopio. Por tales motivos constituye la razón de este trabajo investigar si es posible mejorar la calidad de imágenes con resolución insuficiente, mediante la aplicación de técnicas del Procesamiento Digital de Imágenes (PDI) tales como la interpolación de imágenes.
La resolución espacial de una imagen se define como la cantidad de píxeles por unidad de longitud en cada eje de coordenadas x e y.
Cuando ocurren variaciones en la resolución a un nivel tal que el ojo humano es capaz de percibirlo, observamos en la pantalla los píxeles aumentados de tamaño como rectángulos, lo que altera los contornos y distorsiona la imagen, deteriorando en gran medida la calidad de esta.
Suele considerarse que en un sistema de procesamiento digital de imágenes existe un valor mínimo aceptable para la resolución espacial (cantidad de píxeles por ejes de coordenadas) que depende de las dimensiones físicas de la imagen y de la aplicación. 1,2,3
La interpolación es el proceso mediante el cual se incrementa la tasa de muestreo, determinando los valores de intensidad de los píxeles que deben ser intercalados entre los píxeles originales. 4
Se dice que la imagen resultante de la interpolación será aparentemente de mayor resolución porque se puede dar el caso de que la interpolación no mejore en realidad la resolución, lo cual sucede cuando la imagen a interpolar tiene originalmente una frecuencia espacial máxima mayor que la frecuencia de Nyquist a la que fue muestreada, es decir no se cumple el teorema del muestreo para la imagen de partida, y entonces podemos considerar que no se recupera la resolución espacial. Así que, en ese caso, la interpolación sólo incrementó la cantidad de píxeles por unidad de área pero no resuelve el problema de mejorar la resolución, para lo cual se requeriría de la utilización de técnicas como las denominadas de superresolución. 5
Por otra parte, si la imagen de partida cumple con el teorema de Nyquist, la hipótesis en que se basa este trabajo es que la interpolación puede mejorar la calidad de procesos tales como la segmentación de la imagen, porque de los contornos difusos que se producen se pueden estimar los contornos originales de los objetos en una más alta resolución con mayor precisión. 6,7
Este trabajo tiene el propósito de analizar en qué medida puede influir de manera positiva en la calidad de una imagen de microscopía celular, para el caso particular de eritrocitos de sangre humana, la aplicación de métodos de interpolación y con cuál se pudieran obtener resultados satisfactorios,
Métodos
Características de las imágenes utilizadas en el estudio
El estudio se realizó sobre 10 imágenes del Atlas de Hematología (image variations of red blood cells), que aparece en Internet. 8 Las imágenes fueron obtenidas a partir de un frotis de sangre humana y se encuentran todas en el espacio de color RGB.
Posible influencia de la interpolación sobre la calidad de la imagen
Para analizar el efecto de la interpolación sobre la resolución de una imagen se siguió el procedimiento representado en la secuencia de la Figura 1, el cual consiste en: tomar cada una de las imágenes seleccionadas (denominadas de alta resolución HR) y realizar una reducción de su resolución mediante un programa creado en Matlab (la imagen resultante se denomina según la figura 1, LR de baja resolución); en el paso siguiente se procede a la realización de la interpolación, mediante los métodos de interpolación seleccionados (bicúbico, bilineal y mediante splines cúbicos) 4, teniendo en cuenta el mismo factor por el cual se disminuye la resolución. Después de estas transformaciones realizadas a la imagen se calculan la relación señal a ruido (SNR) y el error medio cuadrático (MSE) entre la imagen inicial HR y la interpolada (LR interpolada). Además se registra el tiempo (T) que demora la interpolación.
[Figure ID: f1]
Esquema del procedimiento básico realizado con las imágenes para analizar el efecto de la interpolación en la resolución espacial de una imagen.
El programa que disminuye la resolución espacial de la imagen lo hace por separado para los tres planos de color y al final se recompone la imagen. Los parámetros de entrada para esta función son la imagen denominada HR en la figura 1 y el factor por el cual se realizará la reducción, igual para las filas y columnas, utilizándose en este caso los factores 2 y 4. A la salida se obtiene la imagen LR: Imagen de baja resolución consecuente con los factores que fueron seleccionados. La misma se obtiene promediando las intensidades de píxeles adyacentes.
Algoritmos de interpolación implementados en Matlab
De los métodos de interpolación seleccionados, el bicúbico y el bilineal fueron implementados mediante la función ‘imresize’ de Matlab. Esta función devuelve una imagen redimensionada a partir de un escalado de la imagen original. La imagen de entrada puede ser en escala de grises, RGB (truecolor) o binaria. Si el factor es un valor entre 0 y 1 la imagen redimensionada será de menores dimensiones que la imagen original, mientras que si el valor del factor es mayor que 1, la imagen redimensionada será de mayores dimensiones. 9
Para la interpolación mediante splines cúbicos se elaboró una función en Matlab específica para imágenes a color, nombrada spl_interp_color que interpola imágenes por factores factrows y factcols en filas y columnas respectivamente; si la imagen de entrada no es RGB (truecolor) se genera un error, de lo contrario se convierte la imagen a real normalizada y se toman las componentes de color de la imagen. Dicho programa utiliza la función interpn para efectuar la interpolación, especificando spline como método.
De forma independiente se evalúa el tiempo que demora la interpolación mediante las funciones tic y toc, tomándose el valor medio y la desviación estándar de 20 ejecuciones
Comparación de los efectos de la interpolación
Entre la imagen inicial (HR) y la imagen interpolada (LR interpolada) se aplican medidas de tipo objetivas, ampliamente utilizadas para evaluar la calidad de la imagen, tales como: el error medio cuadrático y la relación señal-ruido (esta medida derivada de la anterior), a partir de la función confeccionada snr2d.
El error medio cuadrático se define como
(1).
donde m y n son las cantidades de elementos de las muestras de imágenes y métodos a comparar y , denotan los valores de la intensidad en la imagen original y de la interpolación de esta en el píxel , respectivamente. 10 La relación señal a ruido SNR, por otra parte, se define como:
. (2).
De esta manera quedan conformadas 6 tablas de similar estructura pero variando en ellas el método de interpolación y el factor, donde se recopilan: relación señal-ruido en dB, error medio cuadrático y la media del tiempo, en segundos, que demora interpolar con un ciclo for.
Análisis estadístico
Los datos coleccionados en las tablas se procesaron estadísticamente empleando el software SPSS 20.0 para Windows. Como en esta investigación la cantidad fijada fue de diez imágenes, se aplicaron directamente pruebas de estadística no paramétrica. 11) En consecuencia, para investigar con cuál (o cuáles) de los métodos de interpolación propuestos en este estudio puede obtenerse mejor calidad de la imagen, fue seleccionada la prueba de Friedman, fijando el factor para disminuir la resolución por dos y por separado se reitera dicha prueba fijando el factor para disminuir la resolución por cuatro.
El nivel de significación con que se trabajó fue igual a 0,05.
Posteriormente fue necesario complementar con pruebas post-hoc de los rangos con signo de Wilcoxon ya que se trabaja con muestras pareadas, lo que implica tener en cuenta el ajuste de Bonferroni para calcular el nuevo nivel de significación (en este caso equivale a dividir el valor de significación que se usa inicialmente de 0.05 entre la cantidad de variables que se comparan 0.05/3=0.01666 p=0.017). 12 La hipótesis nula establece que las muestras corresponden a una distribución con diferencia de medianas igual a cero (las dos distribuciones de probabilidad de la población son idénticas). La hipótesis alternativa, por el contrario, establece que las muestras no corresponden a una distribución con diferencia de medianas igual a cero.
Resultados
En la investigación fueron propuestas las siguientes combinaciones de métodos para aplicar en los experimentos. El cambio de resolución utilizado fue igual en filas y columnas:
- Baja resolución por dos, interpolación bilineal.
- Baja resolución por dos, interpolación bicúbica.
- Baja resolución por dos, interpolación mediante splines.
- Baja resolución por cuatro, interpolación bilineal.
- Baja resolución por cuatro, interpolación bicúbica.
- Baja resolución por cuatro, interpolación mediante splines.
Resultados de la comparación de los efectos de la interpolación
Como resultado de lo descrito en la sección anterior se conformaron 6 tablas. A continuación en la Tabla 1 se muestra, a modo de ejemplo, una parte del modelo de tabla utilizado, este caso particular con los datos de la combinación interpolación mediante splines (spl_interp_color) y baja resolución X2. Se pueden observar los valores de la relación señal-ruido (SNR), el error medio cuadrático (MSE) y la media del tiempo que demora interpolar con el ciclo for (T;s) para cada una de las imágenes seleccionadas.
Resultados de los efectos de la interpolación (splines, x2) para las 10 imágenes utilizadas en el estudio
Imágenes reales | SNR | MSE | T |
---|---|---|---|
BasophilicStippling R | 37,784 | 3,82E-04 | 0,742 |
Elliptocyte R | 35,876 | 5,19E-04 | 0,754 |
Howell-Jolly s body R | 40,217 | 2,18E-04 | 0,745 |
Leptocyte R | 39,332 | 2,76E-04 | 0,772 |
Malaria R | 36,297 | 4,61E-04 | 0,727 |
Pappenheimer s body R | 39,664 | 2,50E-04 | 0,752 |
Poikilocyte R | 38,119 | 3,46E-04 | 0,724 |
Spherocyte R | 36,196 | 5,25E-04 | 0,744 |
TearDropCell R | 35,597 | 5,42E-04 | 0,75 |
Thalasemia R | 36,420 | 5,13E-04 | 0,733 |
Resultados del análisis estadístico
En este apartado se muestran los resultados de las pruebas estadísticas realizadas a los 6 métodos para los valores correspondientes a las variables SNR, MSE y T.
Se aplicó la prueba de Friedman de forma independiente a los valores de las columnas correspondientes al MSE, a la SNR y a T, empleando factores 2 y 4, obteniéndose así 6 tablas de las cuales se muestra un ejemplo en la Tabla 2 para el MSE (que tiene como complemento la Tabla 3), resultando que, como se puede observar, hay diferencias estadísticamente significativas entre los métodos de interpolación.
Pruebade Friedman: rangos, MSE
Rango promedio | |
---|---|
x2_splines | 2,00 |
x2_bilineal | 3,00 |
x2_bicúbico | 1,00 |
Estadísticos de contraste (a)
N | 10 |
---|---|
Chi-cuadrado | 20,000 |
gl | 2 |
Sig. asintót. | ,000 |
Sig. Exacta | ,000 |
Probabilidad en el punto | ,000 |
TFN1a: Prueba de Friedman
Para conocer si hay diferencias estadísticamente significativas entre los métodos empleados tomados por pares, se aplicó la prueba de los rangos con signo de Wilcoxon como test post-hoc, en la que se comparan el método de interpolación bicúbica con respecto al bilineal, bilineal respecto a splines y bicúbica con splines, como muestra la Tabla 4, donde se obtiene, teniendo en cuenta el nuevo valor p=0.017 (según corrección de Bonferroni), que en todos los casos hay diferencias estadísticamente significativas, según se muestra en la Tabla 5 que complementa la Tabla 4. Por tanto el mejor método en este caso para obtener una mejor calidad de la imagen resultó ser el bicúbico.
Prueba de Wilcoxon, MSE
TFN2a. x2_bicúbico < x2_bilineal ; d. x2_bicúbico < x2_splines; h. x2_bilineal > x2_splines
Estadísticos de contraste, prueba de Wilcoxon.
x2_bicúbico - x2_bilineal | x2_bicúbico-x2_splines | x2_bilineal - x2_splines | |
---|---|---|---|
Z | -2,803b | -2,803b | -2,803c |
Sig. asintót. (bilateral) | ,005 | ,005 | ,005 |
Sig. exacta (bilateral) | ,002 | ,002 | ,002 |
Sig. exacta (unilateral) | ,001 | ,001 | ,001 |
Probabilidad en el punto | ,001 | ,001 | ,001 |
De igual forma, se aplicó la prueba de Friedman a los valores de la columna correspondiente al MSE fijando el factor 4, resultando que, hay diferencias estadísticamente significativas entre los métodos de interpolación. Al aplicar el test post-hoc como se describió anteriormente resultó ser el bicúbico el mejor método de interpolación.
Iguales resultados a los anteriores se obtuvieron al repetir el procedimiento descrito a los valores de la columna correspondiente a la SNR, por separado para factores 2 y 4.
Para el caso de los tiempos registrados se procedió de manera similar, se aplicó la prueba de Friedman a los valores de la columna T fijando el factor 2, resultando que hay diferencias estadísticamente significativas entre los métodos de interpolación. Para conocer cuáles son las diferencias se aplicó la prueba de los rangos con signo de Wilcoxon como test post-hoc, en la que se comparan el método de interpolación bilineal con respecto al bicúbico, bilineal con splines y bicúbico con splines, donde se obtiene, teniendo en cuenta el nuevo valor p=0.017 (según corrección de Bonferroni) que hay diferencias estadísticamente significativas. Por tanto el mejor método en este caso atendiendo a la rapidez resultó ser el bilineal.
De igual forma, se procedió para los valores de la columna T fijando el factor 4, resultando que, hay diferencias estadísticamente significativas entre los métodos de interpolación y que al aplicar el test post-hoc el método más rápido resultó ser igualmente el bilineal.
En la Tabla 6 se muestra un resumen con los rangos promedio obtenidos para cada una de las pruebas de Friedman realizadas (según se ha descrito anteriormente). Se tuvo en cuenta para su análisis que en el caso de las variables MSE y T el menor rango es el mejor y para la variable SNR el mayor rango es el mejor (reflejado en la Tabla 7). Para todos los casos las diferencias fueron estadísticamente significativas.
Rangos, Resumen estadístico de la prueba de Friedman.
SNR x2 | MSE x2 | T x2 | SNR x4 | MSE x4 | T x4 | |
---|---|---|---|---|---|---|
Splines | 2 | 2 | 3 | 1 | 3 | 3 |
Bilineal | 1 | 3 | 1 | 2 | 2 | 1 |
Bicúbico | 3 | 1 | 2 | 3 | 1 | 2 |
La Tabla 7 muestra los valores promedio de las variables T, MSE Y SNR para las 10 imágenes estudiadas según los 6 métodos propuestos (producto de la combinación de los 3 métodos de interpolación y 2 factores analizados).
Discusión
Al aplicar la prueba de Friedman a los valores de la columna correspondiente al MSE fijando el factor 2, se obtienen diferencias estadísticamente significativas entre los métodos de interpolación. De igual manera ocurre si se fija el factor 4, así como repitiendo dicha prueba para la columna correspondiente a la SNR a los factores por 2 y por 4 separadamente.
Las pruebas descritas anteriormente fueron complementadas con la prueba de los rangos con signo de Wilcoxon como test post-hoc para los factores por 2 y por 4 separados, resultando que, entre el método bicúbico y splines y entre el método bicúbico y bilineal hay diferencias estadísticamente significativas a favor del primero, tanto para el MSE como para la SNR. Por tanto las pruebas post-hoc confirman el resultado de la prueba de Friedman en el sentido de que el mejor método en este caso para obtener una mejor calidad de la imagen es el bicúbico.
En el caso de aplicar la prueba de Friedman al valor medio del tiempo (T) que demora interpolar por separado para factor 2 y 4, se obtiene que hay diferencias estadísticamente significativas entre los métodos de interpolación. La prueba de los rangos con signo de Wilcoxon como test post-hoc confirma que el método bilineal tiene diferencias estadísticamente significativas respecto a bicúbico y splines, por lo que puede considerarse el más rápido de los tres utilizados, no obstante no haber resultado el mejor con respecto a su efecto sobre la calidad de la imagen.
En la Tabla 7 se muestran los tiempos promedio según los diferentes métodos de interpolación y factor utilizados y aunque estadísticamente hay diferencias significativas entre el método bilineal y los demás en cuanto a la rapidez, se observa que si bien el tiempo registrado durante el método de interpolación por splines es notablemente superior a los otros dos métodos estudiados, el método bicúbico es solo ligeramente inferior al bilineal (es decir, su ejecución toma un tiempo solo ligeramente mayor), lo cual lo reafirma como el método de elección entre los tres sometidos a este análisis.
En cuanto al MSE y la SNR hay diferencias estadísticamente significativas entre el método bicúbico y los demás en cuanto a la calidad de la imagen. De modo que se puede apreciar en la Tabla 7 la mayor SNR para dicho método de interpolación, así como el menor MSE. Sin embargo no se aprecian grandes diferencias en las magnitudes de estas variables (SNR y MSE) entre los métodos de interpolación splines y bilineal.
Conclusiones
Teniendo en cuenta la posible conveniencia de interpolar una imagen digital para mejorar la resolución de esta, se realizó un estudio comparativo de los efectos de la interpolación sobre la calidad de las imágenes de microscopía celular de frotis de sangre humana, utilizando los métodos de interpolación bilineal, bicúbico y splines, empleando como medidas objetivas de calidad la relación señal a ruido y el error medio cuadrático. Se encontró, utilizando pruebas estadísticas no paramétricas, que el método bicúbico de interpolación fue el de mejor comportamiento para mejorar la resolución de las imágenes con menor afectación de la calidad, medida mediante la comparación de la imagen interpolada con respecto a una imagen de alta resolución de referencia. En cuanto a la eficiencia computacional, se encontró que el método bilineal de interpolación fue el que menos tiempo consumió, aunque el tiempo requerido por el método bicúbico fue solo ligeramente superior que aquel, siendo ambos notablemente más rápidos que el método splines. Los resultados de este estudio indican que el método de interpolación bicúbico arrojó integralmente los mejores resultados para esta aplicación, de entre los tres métodos estudiados.
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2. | |
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